首先，我们可以简单地区分概念。JD.COM的自营店就是JD.COM和品牌**，从品牌那里拿货，然后在平台上卖，就是JD.COM自己卖的货。JD.COM的官方旗舰店，正是JD.COM经营的官方旗舰店，以官网、品牌名称开业。本质上是两家公司**，在平台上销售。

举个简单的例子，现在许多消费者喜欢在JD.COM购买手机。如果他们购买华为手机，可以直接在华为在JD.COM的官方旗舰店购买。旗舰店的库存和官网的一样。如果缺货，那就是官方旗舰店缺货。但这总比官网好:JD.COM会有平台**，价格不变，但是可以获得全额折扣券等等，而官网基本活动很少。但是JD.COM已经有了自营的官方旗舰店，JD.COM基本不会有自营的。

然后就是JD.COM的自营店，比第三方更直接。以手机为例。JD.COM可能有一些品牌的手机在网上没有自己的官方旗舰店。然而，JD.COM已经与手机品牌**。获得授权后，JD.COM可以从该品牌购买商品，并在JD.COM开设自营品类商店。消费者在自营店购买商品，大多享受京东物流配送。

本质上没有质量上的差别，主要是性质上的差别。一个是在JD.COM购销，一个是通过品牌官网沟通，但是使用的产品大部分是京东物流，因为JD.COM运营的部分产品是厂家直接发货，没有办法确定厂家选择什么样的物流。想买东西，两者都可以。