JD.COM自营店和旗舰店的主要区别是JD.COM是否优先支持。JD.COM的旗舰店很容易开。基本上只需要有自己的品牌就可以入驻开旗舰店，自营店的要求稍微多一点。

主要是销量，推广费等等方面。至于是否在JD.COM仓库发货由商家决定，大多数商家会在JD.COM仓库发货速度快、价格不贵的前提下使用JD.COM仓库发货，以保证每月的销量。

作为商家，JD.COM自营店会比旗舰店更有优势。事实上，如果你有在JD.COM购物的经验，你会发现大多数类别都领先于自营商店。自营店需要保证销量，平台扣分会少一些。这是一个很好的优势，在搜索权重和价格上都有一定的优势。

对于消费者来说，自营店和同品牌旗舰店差别不大。一般同一个品牌的不同店铺，主打产品是不一样的。这个主打产品可以说是全网最便宜的了。找到水心产品后，可以和其他店对比。产品质量一样，但是价格会不一样。

最后，JD.COM的自营商店有一定的门槛。并不是所有商家都能达到要求，进入自营店需要一定的实力，这也保证了JD.COM平台上商家的质量，给消费者带来更好的消费体验。