天寒地凍的雪夜，江湖殺手燕十三喝的醉醺醺，在橋上遇到想為弟報仇而在此等候的高通，兩人大戰，高通慘敗而死，樓上觀看的眾人卻依舊將燕十三當做神劍山莊三少爺謝曉峰的影子。
行走江湖時，三少爺的青梅竹馬江南七星塘小姐慕容秋荻，因兩次被三少爺拋棄，故由愛生恨，找上燕十三，激將與他，讓他殺瞭三少爺，而這一切被愛慕慕容秋荻的隨從竹葉青看在眼裡。
燕十三隻身一人前往神劍山莊，決意與三少爺一決高下，而神劍山莊莊主謝王孫卻告知燕十三，傳承謝氏劍法的三少爺於一月前已經去世。燕十三十分悲痛，吐出血來，並將自己的劍丟下江去。與此同時，神劍山莊宣告隱退江湖。
慕容秋荻得知三少爺的死訊後，更是難過，竹葉青趁此表白，又遭拒絕。隨後，江湖上出現幽冥教，燒殺搶掠，滅門瞭多個門派，企圖一統江湖。
其實謝曉峰卻並沒有死去，因厭惡江湖的殺戮，隱去功力，在以吃喝玩樂聞名的苦海鎮化名為阿吉，在妓院曉月樓成為任人欺辱的小廝——沒用的阿吉。因看不慣客人不付錢，而為視錢如命**小麗討回受瞭客人的四刀，一聲不吭，但卻活瞭下來。因此，小麗傾心於他，曉月樓大老板——幽冥教的一個舵主，也想栽培他。
電影三少爺的劍相海報
阿吉不想，便逃瞭出去。卻被以挑糞為生的苗子和他娘老苗婆收留，留在瞭窮苦的村子裡和苗子一起挑糞。而這苗子竟然是小麗的哥哥，因此知道瞭小麗原名叫娃娃，為瞭掙錢騙傢人在富人傢做婢女。知道阿吉在他傢後，決定不再回妓院。
與此同時，燕十三卻被診斷出時日無多，機緣巧合之下，他來到瞭阿吉所在的村子，住瞭下來，為自己準備後事。
曉月樓大老板因小麗和阿吉的出逃，讓殺手把他們抓回來。在抓捕過程中，小麗的謊言被揭穿，路過的燕十三打跑瞭曉月樓的人，卻也讓殺手認出瞭阿吉的真實身份。
村子裡的人為瞭自保，便去請求燕十三教阿吉武功。阿吉不願再握劍，燕十三便拒絕瞭他們。卻殺瞭曉月樓所有人，村子裡的人慶祝瞭一夜。
燕十三決定收阿吉為徒，將十三劍傳授與他。同時，慕容秋荻也知道瞭三少爺沒死的消息，來村子帶走瞭阿吉。假意與三少爺過隱世生活，卻令三少爺想起以往所痛恨的江湖，故再次離去，回到苗子傢。慕容秋荻回來找三少爺，三少爺為瞭單獨引走他們而走散。同時，天尊的人以為大老板報仇燒瞭村子，殺瞭所有人。因慕容秋荻被娃娃道破自己對三少爺的愛實則是對他身份的愛而惱羞成怒，殺瞭苗子，企圖燒死娃娃和老苗婆。阿吉來救人時隻找到被老苗婆掩在身下已經毀容，奄奄一息的娃娃。
天尊的人即將攻打神劍山莊，而三少爺因多年殺人的罪惡感，不願提劍，燕十三解除瞭他的心理障礙，他們一同回到神劍山莊，卻發現天尊實際上竹葉青，一切都是他們為瞭獨占江湖的陰謀。兩方大戰，慕容秋荻錯殺瞭竹葉青，垂死時，竹葉青為愛殺瞭慕容秋荻。
燕十三和三少爺比武，死於三少爺劍下，從此，三少爺成為燕十三帶著康復後的娃娃重回江湖。
