擎天無影腳黃麒英劇情講述瞭十九世紀中葉的中國廣州，政府羸弱，列強入侵，群雄並起，民不聊生。
黃麒英一個人帶著兒子黃飛鴻開瞭一間小有名氣的跌打醫館。而此時的廣州黑勢力馬幫籠罩整個城市，他們欺行霸市，侵凌商戶。鎮粵將軍魏無極開倉放糧，賑濟百姓，得到百姓敬重。黃麒英頗受感動，自願為其醫治腿病，得到瞭魏將軍的賞識，想聘為軍醫官。但黃麒英自幼受師父的影響，對清政府極為反感，不願為官，
在一次出行中魏無極遭到馬幫暗殺，黃麒英挺身而出，殺退刺客。如此黃麒英的名字傳到瞭馬幫頭目馬武的耳朵裡，他下令除掉黃麒英。馬武手下洪森因救命之恩有所顧慮，上門警告黃麒英收斂。黃麒英見洪森本性並不惡，邊打邊以仁義教導，彼此手下留情。
馬武設“鴻門宴”宴請魏無極談判，希望能拉魏下水，魏無極隻帶瞭黃麒英赴宴，黃麒英暗暗佩服魏無極的膽魄。馬幫的生意萎縮，手下成員背離，魏無極調集重兵展開收網行動，馬武身受重傷，被投入大獄。黃麒英在獄中救治馬武時意外發現師父陸阿采。
原來陸阿采是太平軍的骨幹，太平天國失敗後，清兵清除流竄的太平軍餘黨，陸阿采意外被抓，黃麒英這才得知大名鼎鼎的一代宗師陸阿采竟然是自己的師傅喜才。獄中陸阿采向黃麒英道出魏無極不為人知的一面，當年火燒南少林時，是魏無極追殺少林派**，黃麒英感到震驚。
亡妻的小妹十三姨吳雪自南洋回國，找到黃麒英，口口聲聲要撫養外甥，吳雪雖是長輩，卻隻比飛鴻大上五歲。吳雪的舉動搞得父子二人頭大無比，飛鴻更是被套瞭籠頭的馬駒，被管得服服帖帖的。吳雪繼承瞭傢族基因，極有經商頭腦，把小小醫館整治地井井有條，並使黃麒英名聲大噪，求醫者絡繹不絕。
黃麒英找獄中的馬武搜集魏無極的罪行，不料，馬武被折磨瘋癲。馬武手下林鳳仙追查妓院、煙館、賭場等，發現瞭蛛絲馬跡，最終查到這些場所幕後主人竟然是魏無極。魏無極對馬武嚴刑拷打，逼供馬武交出經營多年的地下帝國，占為己有。黃麒英終於相信瞭師父所說的一切，魏無極明為清官，實為豺狼。黃麒英憤憤不平，悔恨自己被利用，成為幫兇，他辭去瞭軍醫官的職務。魏無極心懷鬼胎，狐疑不定，暗中監視黃麒英。黃麒英吩咐林鳳仙收集真憑實據，洪森則暗中保護飛鴻與十三姨。
魏無極親自掌管瞭黑惡勢力，他拉攏舊部強將，軍事化管理，各個環節部署縝密。勾結洋人走私國寶，販賣鴉片，斂財黑手伸向每一個角落。自林則徐禁煙之後，地下煙館再次猖獗，百姓身心遭到毒害。
黃麒英看在眼裡痛在心中，於是潛心研制戒煙丸不惜親自試毒，不幸染上瞭毒癮。陸阿采在黃麒英戒煙時強行捆綁他的雙臂，黃麒英幻想著與魏無極打鬥，結合虎鶴雙形拳法，最終不僅戒煙成功且練成瞭絕技“無影腳”。至此黃麒英開始暗中開館授徒，大批幫眾慕名而來，武館逐漸壯大起來。
黃麒英查出魏無極的陰謀，魏無極瘋狂斂財購買軍火，並教唆軍士吸食鴉片，士兵成癮後，魏無極隻要控制住鴉片的渠道，就可以控制整個軍隊，自立為王。黃麒英明白隻有除掉這個野心傢，才能拯救萬民於水火。
